Boğaz akıntısı, boğazda mukus birikmesi ya da mukusun burun arkasından damlama hissi şeklinde ortaya çıkar. Mukus, burun salgısına verilen addır. Mukus, burun içini nemli, kaygan tutar ve temizler. Alınan havayı nemlendirir ve içindeki kötü maddeleri tutar, mikroplarla savaşır. Mukus üretimi ve temizliği, sinirler, kan damarları, salgı bezleri, kaslar, hormonlar ve silialar ile karmaşık bir şekilde düzenlenir. Boğaz akıntısı hissi, yüksek miktarda ve kalın mukus ya da boğaz kaslarındaki bozukluklar veya yutma bozukluklarından kaynaklanabilir.

Burun ve sinüsler, günde yaklaşık bir ila iki litre arasında ince mukus üretir. Mukus, burun ve sinüsleri döşeyen hücrelerin yüzeyinde bulunan, gözle görülemeyen silia adı verilen süpürge benzeri uzantılarla sürekli olarak geriye doğru süpürülür. Mukus, kayarak genize, oradan da aşağıya yemek borusuna gider ve farkında olmadan yutulur. Normalde, burun önden akmaz. Ancak salgının yoğun olduğu ya da bu salgının arkaya gitmediği durumlarda burundan akıntı meydana gelir.

Artmış, ince, temiz mukus salgısı basit bir soğuk algınlığı, üst solunum yolu enfeksiyonları, alerji, soğuk hava, parlak ışık, bazı yiyecek ve baharatlar, hamilelik ve hormon değişiklikleri, bazı ilaçlar (doğum kontrol hapları, bazı yüksek tansiyon ilaçları) ve yapısal bozukluklar gibi durumlarda görülebilir.

Vazomotor rinitte burun tıkalı, şiş veya ıslak bir şekilde hissedilir. Burun, çeşitli uyaranlara karşı aşırı hassastır ancak alerjik değildir. Artmış, kalın mukus genellikle kışın soğuk havalarda, nemsiz sıcak ev ve binalarda yaşayan kişilerde görülür. Sinüs ve burun enfeksiyonları ile bazı süt ürünlerinden kaynaklanan alerji olayları da meydana gelir. Burun akıntısı koyulaşıp, sarı ya da yeşil renk almaya başlarsa, bakteriyel sinüs enfeksiyonu olasılığı yüksektir. Çocuklarda, bu durum burunda yabancı cisim olmasından da şüphe edilir.

Azalan mukus salgısı, sigara dumanı, endüstriyel kirlilikler ve otomobil egzozu gibi çevresel uyarıcılar tarafından tetiklenebilir. Mukus salgısı azaldığında, normalden daha yoğun bir şekilde koyulaşır ve yanıltıcı olarak artmış mukus şeklinde hissedilebilir. Burun hava akımının düzgün olmaması, burun eğrilikleri nedeniyle salgının azalmasına veya artmasına neden olabilir. Yaş ilerledikçe, burun salgısı azalır ve koyulaşır. Bu durum, boğaz akıntısı şeklinde hissedilebilir.

Burun dokusunun bazı nadir hastalıklarında da mukus üretimi veya akışı etkilenebilir. Yutma bozuklukları, sıvı ve katı gıdaların ağızdan yemek borusuna geçişini sağlayan karmaşık bir süreçtir. Ağız, boğaz ve yemek borusundaki kasların düzenli bir şekilde çalışması gerekir. Yutmada sorun olması, sıvı ve katı gıdaların boğazda birikmesine neden olabilir. Bu durum, nefes borusuna ve ses tellerine kaçarak seste boğukluk, boğaz temizleme ve öksürüğe neden olabilir.

Gastroözofageal reflü, midede bulunan asitli içeriğin yemek borusu ve boğaza gitmesine verilen addır. Göğüste yanma, hazımsızlık, boğaz ağrısı gibi şikayetler yaygındır ve yemekten sonra sırtüstü yatınca artar. Mide ve yemek borusunun birleştiği yerin bir kısmının diyaframın yukarısına kayması da aynı şikayetlere neden olur.